如果方法调用（method call）记录类型设置为插桩（instrumentation），所有被分析（profiled）类的方法都会被插桩。 这会对执行时间非常短的方法带来显著的性能开销。如果这些方法被高频调用，其测量到的耗时将会远高于实际值。 此外，由于插桩，热点（hot spot）编译器可能无法对这些方法进行优化。在极端情况下，这些方法会成为主导的热点（hot spot）， 尽管在未插桩运行（uninstrumented run）时并非如此。比如，XML 解析器中读取下一个字符的方法就是一个例子。 这种方法返回非常快，但可能在很短时间内被调用数百万次。
当方法调用（method call）记录类型设置为采样（sampling）时，不会出现上述问题。 但是，采样不会提供调用次数，只会显示较长的方法调用（method call），并且部分视图（view）在采样模式下无法提供完整功能。
为了缓解插桩带来的问题，JProfiler 提供了一种称为自动调优（auto-tuning）的机制。 分析（profiling）代理会定期检查具有高插桩开销的方法，并将这些方法传递给 JProfiler GUI。 在状态栏中，会显示一条提示，提醒存在高开销的热点（hot spot）。
你可以点击该状态栏条目，查看检测到的高开销热点（hot spot），并选择将其加入忽略方法列表。 这些被忽略的方法将不会被插桩。当会话（session）结束时，也会弹出相同的对话框。
应用新的配置文件设置（profiling setting）后，所有被忽略的方法将在调用树（call tree）中消失。 它们的执行时间会被加到调用方法的自耗时（self-time）上。如果之后你发现某些被忽略的方法在分析视图（view）中不可或缺， 可以在会话（session）设置的 Ignored Methods 选项卡中将其移除。
忽略方法的默认配置包含了用于动态方法分派的 Groovy 调用点（call-site）类，但这些类会让实际调用链难以追踪。
如果你想手动添加忽略方法，可以在会话（session）设置中进行，但更简单的方法是在调用树（call tree）中选择一个方法， 然后通过右键菜单执行 Ignore Method 操作。
在过滤器设置中，你也可以通过将过滤器条目的类型设置为“Ignored”，来忽略整个类或包。 Add Filter From Selection 菜单包含了依赖于所选节点（node）的操作， 并建议忽略该类或逐级包直到顶级包。根据所选节点是 compact-profiled 还是被分析（profiled）， 你还会看到切换过滤器为相反类型的操作。
如果你不希望看到任何关于自动调优（auto-tuning）的消息，可以在配置文件设置（profiling setting）中禁用该功能。 同时，你也可以配置判定高开销热点（hot spot）的标准。方法被认为是高开销热点（hot spot），需同时满足以下两个条件：
- 所有调用的总耗时超过线程总耗时的千分比阈值
- 平均耗时低于以微秒为单位的绝对阈值
