如果方法调用 (method call) 记录类型设置为 instrumentation（插桩），所有被分析 (profiled) 类的方法都会被插桩。这会为执行时间极短的方法带来显著开销。如果此类方法的调用非常频繁，这些方法的测量时间将会过高。此外，由于插桩的原因，热点 (hot spot) 编译器可能无法对其进行优化。在极端情况下，尽管在未插桩运行时并非如此，此类方法也会成为主要的热点 (hot spot)。例如 XML 解析器中读取下一个字符的方法。此类方法返回非常快，但在短时间内可能会被调用数百万次。
当方法调用 (method call) 记录类型设置为 sampling（采样）时，不存在此问题。但是，采样不提供调用次数，仅显示耗时较长的方法调用 (method call)，并且在使用采样时，若干视图 (view) 将无法具备其完整功能。
为了缓解插桩带来的问题，JProfiler 具备一种名为 Auto-Tuning 的机制。Profiling Agent 会不时检查具有较高插桩开销的方法，并将其传输给 JProfiler GUI。在状态栏中，将显示一个提示存在开销热点 (hot spot) 的条目。
您可以点击该状态栏条目来查看检测到的开销热点 (hot spot)，并选择将它们添加到忽略方法列表中。随后，这些忽略的方法将不会被插桩。当会话 (session) 终止时，将显示相同的对话框。
在应用新的配置文件设置 (profiling setting) 后，所有忽略的方法都将从调用树 (call tree) 中消失。它们的执行时间将被计入调用方法的自耗时 (self-time)。如果稍后您发现某些忽略的方法在分析视图 (view) 中必不可少，可以在会话 (session) 设置中的 忽略的方法 (Ignored methods) 选项卡中将其移除。
忽略方法的默认配置包括用于动态方法调度的 Groovy 调用点 (call-site) 类，但这些类会导致难以追踪实际的调用链。
如果您想手动添加忽略的方法，可以在会话 (session) 设置中进行，但更简单的方法是在调用树 (call tree) 中选择一个方法，并从上下文菜单中调用 忽略方法 (Ignore method) 操作。
在过滤器设置中，您还可以通过将过滤器条目的类型设置为“Ignored”（忽略）来忽略整个类或包。从所选内容添加过滤器 (Add Filter From Selection) 菜单包含取决于所选节点的操作，并建议忽略该类或直至顶层包的各个包。取决于所选节点是紧凑分析 (compact-profiled) 还是被分析 (profiled)，您还会看到用于将过滤器更改为相反类型的操作。
如果您不想看到有关 Auto-Tuning 的任何消息，可以在配置文件设置 (profiling setting) 中将其禁用。此外，您还可以配置判定开销热点 (hot spot) 的标准。如果同时满足以下两个条件，则该方法被视为开销热点 (hot spot)：
- 其所有调用的总时间超过了线程中整个总时间的千分比阈值
- 其平均时间低于以微秒为单位的绝对阈值
